1、種植分散，規模效益較差、標準化生產程度較低。由于藥農實力有限，種植分布分散，成片種植少，集約化程度較低，正如江西泰和縣的車前子，家家戶戶像種花生一般，難以標準化。另外，藥材種植區域多在山區，信息和交通落后造成種植難以規模化，好比曾為“藥材生產紅旗縣“的重慶巫溪，太白貝母、大寧黨參等特色品種，目前種植規模太小，批量供應能力很低，在市場交易中難以形成氣候。

2、重視生產，不重技術與管理，造成質量較次。很多基地重產量輕質量，濫用化肥、農藥，導致中藥材品質下降，同時也缺乏技術指導和跟蹤服務，不能保持對中藥材在正常生長過程中的監測預報與田間管理，好比石柱黃連基地，很多連農疏忽基地管理，出現各類黃蟲病害，

3、只管生產，不管市場行情，信息閉塞。一些基地或盲目跟風，重復建設，如三七高價位時候，賣廠賣房湊錢去文山包地的大有人在。或埋頭發展生產，不進行深入的市場調研與前景分析，種植品種單一，價賤滯銷，如江西梔子豐產不豐收。

4、買賣雙方不透明，種植與銷售脫節。中藥材種植生長管理較為粗放，供需信息交流不暢，缺乏長期的利益供給機制，價格起伏幅度過大，阻礙了中藥產業健康發展。